Подсистема защиты информации надежно обеспечивает защиту открытой информации, которая является собственностью государства. Комплекс средств защиты (КСЗ) информации по результатам государственной экспертизы признан соответствующим требованиям нормативных документов системы технической защиты информации в Украине.
Реализованные в составе КВС средства обработки / проверки электронной цифровой подписи поддерживают использование сертификатов открытых ключей, произведенных любым центром сертификации ключей, аккредитованном в соответствии с требованиями Правил усиленной сертификации. Благодаря этому обеспечивается соответствие СЭДО «Док Проф» требованиям нормативно-правовой базы Украины, что касается применения электронной цифровой подписи в органах государственной власти и местного самоуправления.